Był to pierwszy prymasowski pochówek w Gnieźnie po 99 latach. Arcybiskup Józef Kowalczyk spoczął obok kard. Edmunda Dalbora, pierwszego Prymasa Polski odrodzonej po zaborach, który zmarł w 1926 roku i został pochowany w katedrze gnieźnieńskiej. Przygotowanie nekropolii arcybiskupów gnieźnieńskich Prymasów Polski w podziemiach bazyliki prymasowskiej było jednym z przedsięwzięć zrealizowanych z inicjatywy i za czasów czteroletniej posługi prymasowskiej śp. abp. Józefa Kowalczyka.

Mszę św. pogrzebową koncelebrowało trzydziestu arcybiskupów i biskupów m.in.: nuncjusz apostolski w Polsce abp. Antonio Filipazzi i poprzednio pełniący tą misję abp Celestino Migliore. Obecni byli m.in.: przewodniczący KEP abp Tadeusz Wojda, wiceprzewodniczący abp Józef Kupny, kard Kazimierz Nycz, abp Stanisław Budzik, abp Marek Jędraszewski, abp Józef Guzdek i arscybisku senior Henryk Muszyński, poprzednik śp. abp. Józefa Kowalczyka na stolicy arcybiskupiej w Gnieźnie.

Zmarłego Prymasa żegnali kanonicy Kapituły Prymasowskiej, księża z archidiecezji gnieźnieńskiej, archidiecezji warmińskiej i rodzinnej diecezji tarnowskiej, osoby życia konsekrowanego m.in. siostry urszulanki, z których zgromadzeniem śp. abp Kowalczyk był szczególnie związany, przedstawiciele uczelni wyższych, członkowie organizacji i stowarzyszeń kościelnych, a także władze Gniezna, powiatu gnieźnieńskiego i przedstawiciele najwyższych władz państwowych z wicepremierem Władysławem Kosiniakiem-Kamyszem na czele. Obecna była także była premier i ambasador RP przy Stolicy Apostolskiej Hanna Suchocka, która blisko współpracowała z abp. Józefem Kowalczykiem w czasie pełnienia przez niego misji nuncjusza apostolskiego w Polsce.

Za duszę śp. abp. Józefa Kowalczyka modlili się jego współpracownicy, m.in. wieloletni sekretarz ks. Tadeusz Gerlach CSMA, delegacja z rodzinnych Jadownik Mokrych oraz tamtejszego Ośrodka Opiekuńczo-Rehabilitacyjnego dla Dzieci i Młodzieży Niepełnosprawnej, którego powstanie zmarły Prymas zainicjował.

Rozpoczynając homilię abp Wojciech Polak przywołał pierwsze słowa testamentu swojego poprzednika: „W imię Ojca i Syna i Ducha Świętego! Bóg bogaty w miłosierdzie, Pan czasu i wieczności, Życia i Śmierci niech będzie uwielbiony! Jemu cześć i chwała na wieki!”, dziękując za jego miłość do Chrystusowego Kościoła, szacunek, jakimi otaczał namiestników Chrystusowych na Stolicy Piotrowej w Rzymie i świadectwo miłości bliźniego, której najwymowniejszym dowodem jest wspomniany Ośrodek Opiekuńczo-Rehabilitacyjny w Jadownikach Mokrych. Wspominając zaangażowanie, z jakim abp Józef Kowalczyk podejmował kolejne zadania powierzane mu w Kościele, przyznał, że czynił to w oparciu o solidny i twórczy fundament, jaki dał mu jego dom rodzinny - skromny w dobra materialne, ale - jak sam wspominał - „wielki bogactwem wiary”. Z tego domu arcybiskup Józef wyszedł z błogosławionym doświadczeniem miłości i troski jego kochanych rodziców, a także z zaczepioną przez nich wiarą, która później pozwalała mu odczytywać wszelkie trudności i wyzwania jako wyjątkową łaskę Boga bogatego w miłosierdzie, niczym niezasłużoną i bardzo zobowiązującą.

„Kreśląc te słowa w swoim testamencie miał zapewne w pamięci także misję, którą powierzył mu św. Jan Paweł II i z której z pewnością zostanie zapamiętany - przeszło dwudziestoletnią posługę Nuncjusza Apostolskiego w Polsce” - przyznał Prymas, przypominając, że posyłając go z Rzymu do Warszawy, papież prosił, aby ta posługa wzmocniła łączność Polski z Następcą św. Piotra oraz przyczyniła się do budowania konstruktywnego porozumienia z władzami dla pokonywania istniejących trudności, jak również osiągania dobra duchowego i moralnego narodu. „Widomym znakiem tego działania było m.in. przywrócenia ordynariatu polowego Wojska Polskiego, praca nad reformą struktur Kościoła w Polsce, a także wspólnie wypracowany i podpisany Konkordat Rzeczypospolitej Polskiej ze Stolicą Apostolską” - przypomniał abp Polak stwierdzając, że wagę i znaczenie wszystkich dziejących się wówczas wydarzeń i zaistniałych faktów w pełni ocenić będą mogli dopiero potomni.

Podkreślił również, że ostatni rozdział swojej księgi życia zmarły Prymas zapisał „tutaj, między nami, na Stolicy Prymasowskiej w Gnieźnie”. I choć - jak dodał - posługa ta była relatywnie krótka, to jednak pełnił ją z takim samym pasterskim oddaniem. „Będąc już na emeryturze i dzieląc swój czas między Rzym, Warmię i rodzinne Jadowniki Mokre, nie zapominał o Gnieźnie i było mu ono zawsze bliskie przez miejsca, które tu ukochał i ludzi, których spotykał spacerując ulicami i przysiadając na ławeczce nad Jeziorem Jelonek. Zawsze ciekawy ich opinii, zawsze zainteresowany lokalnymi sprawami, bezpośredni, szczery, często wręcz familiarny w relacjach z bliźnimi” - przypomniał abp Polak.

Na koniec przywołał życzenia, jakie kiedyś, w poranek Zmartwychwstania Pańskiego śp. abp Kowalczyk wypowiedział w katedrze gnieźnieńskiej, aby Zmartwychwstały Chrystus był dla nas źródłem prawdziwiej, chrześcijańskiej nadziei. „Z tą nadzieją stajemy dziś w tej samej katedrze, wokół jego trumny, polecając Go miłosierdziu Bożemu i z ufnością wypowiadając słowa modlitwy, którymi w tych dniach żałoby cały Kościół Gnieźnieński modli się za niego: Boże, Ty obdarzyłeś biskupią godnością swojego sługę arcybiskupa Józefa i dałeś mu udział w kapłaństwie Apostołów, włącz go na wieki do ich społeczności” - zakończył abp Polak.

Pod koniec liturgii odczytano kondolencje papieża Leona XIV, przesłane przez kard. Pietro Parolina do abp. Wojciecha Polaka, w których Ojciec Święty zapewnił o ojcowskiej bliskości, modlitewnej pamięci i przesłał apostolskie błogosławieństwo rodzinie zmarłego, wiernym Kościoła gnieźnieńskiego i wszystkim żegnającym zmarłego Prymasa.

Słowa podziękowań i wspomnień wypowiedzieli także: abp Celestino Migliore, obecnie nuncjusz apostolski we Francji, a wcześniej następca śp. abp. Józefa Kowalczyka w misji nuncjusza apostolskiego w Polsce i jego bliski współpracownik w 1989 roku w Ojczyźnie, oraz przewodniczący KEP abp. Tadeusz Wojda. W imieniu władz lokalnych przemówił prezydent Gniezna Michał Powałowski, a z ramienia władz państwowych wiceminister Władysław Kosiniak-Kamysz, który podkreślił, że bez śp. abp. Józefa Kowalczyka, jednego z najbliższych współpracowników św. Jana Pawła II, zagospodarowanie odzyskanej w pełni w 1989 roku suwerenności byłoby niemożliwe. „Niemożliwe byłoby zbudowanie relacji między państwem a Kościołem” - podkreślił.

Przy biciu dzwonu św. Wojciech, z towarzyszeniem rodziny, Prymasa Polski i biskupów trumna z ciałem śp. abp. Józefa Kowalczyka została przeniesiona do katedralnych podziemi, gdzie obrzędom pogrzebowym przewodniczył abp Wojciech Polak.

Ostatnią drogę śp. abp. Józefa Kowalczyka można było śledzić w przekazie medialnym. Wszyscy, którzy chcą pomodlić się przy jego grobie, mają taką możliwość dziś do rozpoczęcia wieczornej Mszy św. o 18.00.

Zgodnie z wolą zmarłego Prymasa żałobnicy zostali poproszeni, aby zamiast kwiatów - jeśli mają taką możliwość - złożyć datek na Ośrodek Opiekuńczo-Rehabilitacyjny dla Dzieci i Młodzieży Niepełnosprawnej w Jadownikach Mokrych.