Papież Paweł VI 3 grudnia 1965 r. wydał bullę, w której nominował ks. Tokarczuka na ordynariusza diecezji przemyskiej. Wysuwając kandydaturę duchownego na biskupa przemyskiego, prymas Wyszyński docenił jego doświadczenie duszpasterskie, umiejętności na polu organizacyjnym, gotowość służenia Kościołowi niezależnie od przeszkód i „kosztów”, które trzeba będzie w związku z tym ponieść. Cechami biskupa nominata, które zwierzchnik polskiego Kościoła wziął pod uwagę, były też: radykalizm społeczny i ewangeliczny, bezkompromisowość, hart ducha, umiłowanie prawdy.

Przed sakrą ks. Tokarczuk odbył rekolekcje w klasztorze Ojców Bernardynów w Leżajsku. W ich trakcie, analizując sytuację społeczną, religijną, polityczną Polaków, pisał: „Gdy zbliżał się czas przygotowań do konsekracji, trzeba było wszystko przemodlić, odprawić rekolekcje. Poprosiłem ojców bernardynów z Leżajska. (…) Tam zamieszkałem i modliłem się, jak postąpić, od czego zacząć, bo przecież wszystko uzależnione jest od władzy, nawet nominacja proboszcza, nie mówiąc o remontach kościoła, postawieniu krzyża. Jak mam sprawować swój urząd biskupi? I wtedy tam w tej modlitwie zrozumiałem, że trzeba zacząć budzić odwagę u ludzi, bo wszystko było złamane. (…) Opozycja zlikwidowana. (…) Wszystko uzależnione od reżimu. Nie ma się kogo poradzić, na kim oprzeć. (…) Pojąłem, że muszę zacząć pracę od spraw małych – przypomnienia wiernym o kapliczkach przydrożnych, skupienia ich tam, odprawienia Mszy św. w wioskach daleko od kościoła. Tłumaczyłem wiernym: nie bójcie się, nie lękajcie. Karę, gdy będzie za duża, pokryjemy wszyscy razem, cała diecezja. Nikogo nie zostawi się samego”.

Rozpoczęcie przez bp. Tokarczuka pracy duszpasterskiej w Przemyślu zbiegło się z uroczystościami Tysiąclecia Chrztu Polski w 1966 r. W ich trakcie ordynariusz wygłosił wiele kazań, w których Służba Bezpieczeństwa odnotowała „wrogie akcenty”. W opinii bp. Tokarczuka, Kościół w okresie Milenium przeszedł do ofensywy duchowej wobec komunizmu. Rolą Kościoła było pozostawanie w opozycji moralnej do systemu komunistycznego i nauczanie Ewangelii.

Na terenie diecezji przemyskiej władze komunistyczne przez lata blokowały budowę nowych kościołów. Odwołując się do własnego doświadczenia życiowego i duszpasterskiego, bp Tokarczuk propagował zasadę, że do kościoła lub kaplicy nie może być dalej niż 3-4 km w jedną stronę. Podejmując program budowy świątyń bez oglądania się na komunistyczne władze, aktywizował wiernych, dodając im odwagi i wspierając na każdym kroku.

Głosząc słowo Boże, bp Tokarczuk piętnował komunistyczną ideologię, dlatego uznawany był przez władze za zdecydowanego wroga, którego należało zwalczać na każdym kroku. Jego kazania były słowami prawdy, których tak wówczas brakowało.

Od połowy lat 70. XX wieku Kuria Biskupia w Przemyślu była celem wizyt opozycjonistów reprezentujących różne środowiska. Otrzymywali oni od przemyskiego hierarchy wsparcie moralne i materialne.

W latach 80. kontakty bp. Tokarczuka z ludźmi opozycji uległy zintensyfikowaniu. W sierpniu 1980 r. duchowny wyraził publicznie poparcie dla postulatów głoszonych przez strajkujących robotników i powstających w wyniku podpisania porozumień gdańskich struktur NSZZ „Solidarność”.

W okresie stanu wojennego wsparcie dla ludzi „Solidarności” ze strony duchowieństwa diecezji przemyskiej oraz bp. Tokarczuka przybrało charakter działań charytatywnych i duszpasterskich (choć nie można zapominać o tym, iż na terenie diecezji przemyskiej ukrywano poszukiwanych przez SB działaczy „Solidarności”, przechowywano materiały służące do druku wydawnictw opozycyjnych, ukrywano środki finansowe należące do „Solidarności”).

Do końca PRL-u biskup otaczał opieką i troską ludzi tworzących NSZZ „Solidarność” i NSZZ „Solidarność” Rolników Indywidualnych czy Niezależne Zrzeszenie Studentów. Wspierał i w miarę możliwości uczestniczył w spotkaniach duszpasterstw stanowych zrzeszających środowisko akademickie, ludzi pracy i rolników. Kuria Diecezjalna w Przemyślu była też mecenasem kultury, organizowała wiele przedsięwzięć pozostających poza kontrolą komunistycznej cenzury. W ramach tzw. kultury niezależnej organizowano sesje, okolicznościowe wykłady i wystawy, projekcje filmów, koncerty, podczas których odwoływano się do etosu Armii Krajowej i Polskiego Państwa Podziemnego.

Za sprawą inicjatyw społecznych i kulturalnych podejmowanych wspólnie przez świeckich i duchownych, Kościół w sposób znaczący wpływał na formację intelektualną i duchową ludzi „Solidarności”.

Wkład Kościoła, kapłanów i ordynariusza diecezji przemyskiej bp. Ignacego Tokarczuka w proces odzyskania przez Polskę suwerenności był ogromny. Trudno wyobrazić sobie drogę do niej bez jego posługi.

W uznaniu za zasługi w 1991 r. Jan Paweł II wyniósł bp. Ignacego Tokarczuka do godności arcybiskupa „ad personam”, a w 1992 r. ustanowił go pierwszym metropolitą nowo powstałej metropolii przemyskiej.