Ówczesny kierownik sekretariatu Prymasa Polski, najbliższy współpracownik kard. Stefana Wyszyńskiego, przez 27 miesięcy więzienia na Rakowieckiej był poddawany bestialskim torturom i psychicznym szykanom, które miały doprowadzić do uzyskania odeń infromacji oskarżających prymasa. Bp Baraniak nie załamał się i nie uległ presji, przez co pokrzyżował plany komunistów, który chcieli w oparciu o jego zeznania wytoczyć proces prymasowi Wyszyńskiemu. Później odegrał ważną rolę w Kościele w Polsce jako metropolita poznański.

Antoni Baraniak urodził się 1 stycznia 1904 roku w Sebastianowie. W 1920 roku wstąpił do nowicjatu Towarzystwa Salezjańskiego. W latach 1921-1924 studiował filozofię. W 1925 roku złożył śluby wieczyste u Salezjanów. W latach 1927-1931 przebywał w Rzymie, gdzie odbywał studia teologiczne na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim. Uzyskał stopień doktora. W 1930 roku przyjął w Krakowie z rąk abp. Adama Sapiehy święcenia kapłańskie.

W 1933 roku ks. Baraniak został powołany przez prymasa Polski kard. Augusta Hlonda na sekretarza i osobistego kapelana.

Wybuch II wojny światowej zmusił Prymasa Polski i jego sekretarza do opuszczenia kraju. W raz z nim przebywał najpierw w Rzymie, później w sanktuarium Lourdes (1940 – 1943) a następnie w benedyktyńskim opactwie Hautecômbe w Sabaudii (1943 – 1944). Wraz z Prymasem walczy tam o sprawę polską, informując Stolicę Apostolską i opinię publiczną Zachodu o prześladowaniach i zbrodniach niemieckich w Polsce, odwiedzając polskich uchodźców i rozwijając szeroką działalność charytatywną. Kiedy w okresie luty 1944 - kwiecień 1945 r. prymas Hlond zostaje internowany przez Niemców, ks. Baraniak kontynuuje tę pracę a następnie, w lipcu 1945 r. wraz z kard. Hlondem powraca do Polski. Staje się najbliższym współpracownikiem kardynała Hlonda, gdy ten przystąpił do organizowania życia kościelnego w nowej rzeczywistości politycznej.

Po jego śmierci w 1948 roku został sekretarzem i kapelanem kolejnego prymasa – kard. Stefana Wyszyńskiego. Z racji swej bliskiej współpracy z prymasem, stał się jednym z najważniejszych przedstawicieli polskiego Kościoła w najtrudniejszych dla niego czasach stalinowskiego terroru i prześladowań. Ks. Baraniak jako sekretarz prymasa redagował i wysyłał do władz państwowych liczne pisma oraz petycje w sprawie uwolnienia aresztowanych lub przesłuchiwanych księży, zakonników i świeckich.

Towarzyszył Prymasowi Wyszyńskiemu podczas wizyty "ad limina apostolorum" u Piusa XII w kwietniu 1951 roku. Była to wizyta bardzo ważna, ponieważ Prymas Polski otrzymał wówczas dekret nadający mu specjalne pełnomocnictwa. Papież okazał wielkie zrozumienie dla sprawy Ziem Zachodnich i na prośbę Prymasa mianował biskupów w Gorzowie, Olsztynie, Opolu i Wrocławiu, nie uznawanych później przez władze komunistyczne. Funkcję sekretarza i kapelana Prymasa Kardynała Wyszyńskiego ks. Baraniak pełnił do 26 kwietnia 1951 roku. 30 kwietnia tegoż roku Papież Pius XII mianował go sufraganem gnieźnieńskim, sakrę biskupią otrzymał dnia 8 lipca 1951 roku w katedrze gnieźnieńskiej. Nadal przebywał w Warszawie jako kierownik sekretariatu Prymasa.

W nocy z 25 na 26 września 1953 roku, kiedy do pałacu arcybiskupów warszawskich przy ulicy Miodowej wkroczyli funkcjonariusze UB w celu aresztowania kard. Wyszyńskiego, prymas sądził, że to bp Baraniak zastąpi go w pełnieniu obowiązków. Jednak już kilka godzin później także i on został zatrzymany. Rozpoczęła się dlań wówczas czas okrutnych prześladowań, co znosił odważnie, z podniesionym czołem, chociaż zapewne wielu postawionych na jego miejscu dałoby się złamać.

Działania władzy komunistycznej wspomnianej wrześniowej nocy 1953 roku nie ograniczyły się jedynie do aresztowań. Równocześnie rozpoczęto akcję mającą na celu rozbicie jedności Kościoła. Komuniści usiłowali za wszelką cenę pozbyć się prymasa. Planowali wytoczyć kard. Wyszyńskiemu proces o działalność szpiegowską, kontrrewolucyjną i zdradę państwa. W tym celu chcieli wymusić obciążające prymasa zeznania na jego najbliższym współpracowniku – biskupie Antonim Baraniaku.

Biskup został umieszczony w więzieniu przy ulicy Rakowieckiej. Traktowano go podobnie jak innych więźniów politycznych uznawanych za największych wrogów Polski Ludowej. Przesłuchiwano go 145 razy. Przesłuchania trwały nawet po kilkanaście godzin. W ich trakcie był torturowany fizycznie i psychicznie. Często, nawet przy wielostopniowym mrozie umieszczano go w nieogrzewanym, wiglotnym karcerze, gdzie przebywał nago, bez pokarmu. Odmawiano mu pomocy lekarskiej, co spowodowało stopniowe pogarszanie się stanu zdrowia duchownego. Usiłowano z niego wydobyć zeznania, które obciążyłyby aresztowanego Prymasa Polski i tym samym umożliwiłyby władzom wszczęcie pokazowego procesu.

W zapiskach Prymasa Wyszyńskiego z okresu internowania czytamy: "Ludzie, którzy udzielili mi pierwszych informacji o biskupie Antonim, widzieli go w mokotowskim więzieniu przygodnie z dala, podczas spaceru. Był w sutannie, chodził sam, był bardzo blady, ale pogodny. Opinia krążąca po więzieniu przekazywała o nim najlepsze wrażenie. (...) biskup Baraniak trzyma się dzielnie i zajmuje godną postawę wobec swoich śledczych. Wiedziano (...), że to śledztwo było długotrwałe i bardzo uciążliwe, że biskup nikogo nie obciążył. Mówiono, że wywiera on dobry wpływ na więźniów, którym dodaje otuchy, imponuje swoją kapłańską postawą i najlepszym usposobieniem.”