Parafia katolicka w Szembruku powstała w 1306 r. W tym czasie wzniesiono zapewne pierwszy kościół drewniany, wzmiankowany w 1414 r. jako spalony. Następny kościół konstrukcji szkieletowej spalony został przez Szwedów podczas wojny w 1628 r.
W latach 1715-1716 staraniem ks. Grzegorza Szmeltera, dziekana łasińskiego i szembruckiego, na tym samym miejscu został zbudowany trzeci kościół drewniany. Poświęcenia nowej świątyni dokonano w 1716 r. Do 1718 r. kościół pełnił funkcję filialnego, 11 lutego tego roku parafia otrzymała swojego proboszcza. W 1741 r. wykonana została nadbudowa latarni nad wieżą, upamiętniona chorągiewką. Pod koniec XIX w. lub na początku XX w. od strony północnej dobudowana została nowa kruchta boczna o konstrukcji szkieletowej w stylu muru pruskiego.
W latach 80. rozpoczęto restaurację tej zabytkowej świątyni. Od 1995 r., gdy proboszczem parafii został ks. Kazimierz Wiktor Flisikowski, rozpoczęły się przygotowania do gruntownego remontu tego pięknego i zabytkowego kościoła. W 1996 r. naprawiono przeciekający w wielu miejscach dach świątyni. W tym samym roku dokonano także częściowej naprawy starej instalacji elektrycznej. W 1997 r. zdjęto oszalowanie zewnętrzne (deski) z wszystkich ścian kościoła i wtedy okazało się, że trzeba przymierzyć się do odbudowy na nowo całej świątyni. Aby uratować kościół przed całkowitym zawaleniem, zanim przystąpiono do jego odbudowy, wymieniono w 1998 r. dziewięć przypór zewnętrznych (tzw. lisic) i jedną wewnętrzną z bali drewnianych oraz założono pręty metalowe zabezpieczające świątynię przed przechyłem ścian i ich runięciem.
W latach 1999-2002 pod nadzorem Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków została odbudowana cała bryła kościoła łącznie z fundamentami. Świątynia jest obecnie całkowicie nowa. Z lat 1715-1716 został zachowany jedynie strop deskowany z polichromią oraz dwie krokwie dachu kościoła, wykonano nowe okna z witrażami.
W niedzielę 7 maja 2000 r., na zakończenie misji ewangelizacyjnych w ołtarzu głównym umieszczono nowy obraz przedstawiający patrona kościoła i parafii - św. Bartłomieja (wyk. Leszek Pawlikowski).
W 2002 r. rozebrano całą spróchniałą konstrukcję wieży, wzmocniono kamienne fundamenty i odbudowano na nowo całą konstrukcję wieży. Wykonano także wszystkie elementy zdobnicze m. in. kulę, krzyż. Renowacji poddano wszystkie zabytkowe sprzęty w świątyni, m.in. mosiężne żyrandole i kinkiety.
Największym dziełem wykonanym w 2003 r. była renowacja i konserwacja zabytkowej polichromii na stropie kościoła przeprowadzona przez Firmę Konserwatorską Katarzyny Wantuch-Jarkiewicz z Torunia. Na błękitnym tle nieba rozświetlonego gwiazdami umieszczony został medalion z koroną Matki Bożej, a w jego środku wykonano szarfę z napisem w języku łacińskim: RENOVATIO ECCLESIAE - ANNO DOMINI MCMXCIX - MMIII (Odbudowa kościoła w latach 1999-2003).
Do wykonania pozostała jeszcze nowa posadzka z płytek klinkierowych na całej powierzchni kościoła. Tę inwestycję zaplanowano na rok 2004. Wszystkie prace ciesielskie i dekarskie przy odbudowie bryły kościoła wykonała Firma Wielobranżowa Romana i Mieczysława Bernaciak z Ostrowitego koło Jabłonowa; natomiast prace stolarskie Zakład Stolarski R. Baldygi z Łasina. Prace murarskie przy świątyni przeprowadziła Firma Budowlana Henryka Taczyńskiego ze Skurgiew k. Rogóźna. Witraże w oknach wykonał Bogdan Klementowski z Kwidzyna.
Wszystkie prace przy odbudowie kościoła prowadzono pod nadzorem Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Toruniu, Diecezjalnego Konserwatora Zabytków, Urzędu Gminy - Wydział Budowlany w Rogóźnie na czele z Wiesławem Jeschke z Grudziądza. Kierownikiem odbudowy kościoła był wójt gminy Rogóźno Dariusz Morczyński z Grudziądza. Bezpośredni nadzór nad wszystkimi pracami budowlanymi sprawował i wszystkie materiały potrzebne do odbudowy całego kościoła zakupił ks. Kazimierz Wiktor Flisikowski - proboszcz parafii.
Kościół udało się odbudować dzięki pomocy Bożej i Matki Najświętszej oraz dzięki życzliwości, pracowitości i ofiarności parafian, dzięki pomocy różnych instytucji państwowych, a także rodziny, krewnych, znajomych i przyjaciół.
Niech dobry Bóg wszystkim wynagrodzi ich dobroć, ofiarność i zaangażowanie, a odbudowany kościół niech służy długo nam wszystkim i następnym pokoleniom dla naszego uświęcenia i zbawienia wiecznego. „Wejdźcie [do tej świątyni] uwielbiajmy, padnijmy na twarze i zegnijmy kolana przed Panem, który nas stworzył” (por. Ps 95, 6).
Święty Bartłomieju, patronie naszego kościoła i parafii, módl się za nami!