Stanisław Czajka urodził się 13 listopada 1897 r. we wsi Kamienna, w powiecie włocławskim. Jego rodzice, Andrzej i Marianna z domu Gapińska, prowadzili niewielkie gospodarstwo rolne. Sakrament chrztu św. otrzymał w kościele parafialnym w Lubieniu Kujawskim. Stanisław już od najmłodszych lat, jako ministrant, czuł powołanie do służenia Bogu. Jako uczeń szkoły powszechnej w Kłotnie, znał miejscowego proboszcza - ks. Franciszka Świetlickiego. Kapłan ten miał silny wpływ na umocnienie powołania młodego Stanisława, pomógł mu również w podjęciu nauki w gimnazjum w Piotrkowie. Do czasu wybuchu I wojny światowej chłopiec ukończył pięć klas gimnazjum. Dalszą naukę pobierał prywatnie.

W 1915 r. wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku. W zdobywanie wiedzy i zapewnienie bytu materialnego wkładał dużo wysiłku. Wpłynęło to na pogorszenie stanu zdrowia w takim stopniu, że władze seminaryjne uznały, iż jest ono za słabe, by mógł otrzymać święcenia. Jednak w następnych latach stan zdrowia się poprawił. 11 kwietnia 1917 r. Stanisław Czajka otrzymał święcenia niższego stopnia, a w 1920 r. pozostałe święcenia: subdiakonatu - 28 lutego i diakonatu - 20 marca. 13 marca 1920 r. ówczesny ordynariusz kujawsko-kaliski - bp Stanisław Kazimierz Zdzitowiecki udzielił mu święceń kapłańskich.

Pracę duszpasterską rozpoczął jako wikariusz w parafii Konopiska u boku ks. Stefana Wróblewskiego. Pracował tam niespełna rok, po czym został przeniesiony do parafii Pajęczno. 5 listopada 1921 r. został wikariuszem w parafii św. Barbary w Częstochowie. Oprócz obowiązków wikariuszowskich uczył religii w miejscowych szkołach powszechnych, a także prowadził organizacje młodzieżowe. Chciał kontynuować studia z zakresu prawa kanonicznego, ale przeszkodą okazała się zbyt mała liczba kapłanów do pracy duszpasterskiej w nowo powstałej diecezji częstochowskiej.

W październiku 1927 r. biskup częstochowski Teodor Kubina zwolnił ks. Stanisława Czajkę z obowiązków wikariusza i zezwolił na rozpoczęcie studiów z zakresu prawa kanonicznego na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Rozpoczynając studia w Lublinie, przerwał wcześniej podjęte studia prawnicze na Uniwersytecie Jagiellońskim. Po roku uzyskał licencjat, po czym odbył dwie podróże zagraniczne: do Innsbrucka i Lowanium. Po powrocie do kraju, 31 października 1930 r., przedstawił rozprawę doktorską napisaną pod kierunkiem o. prof. Gommara Michielsa OFMCap.: Przedawnienie w prawie karnym kanonicznym. Praca ta została opublikowana w Lublinie w 1934 r. Następnie przez lata pełnił w diecezji funkcję sekretarza generalnego katolickich stowarzyszeń młodzieżowych męskich i żeńskich. Jest wielce prawdopodobne, że w ramach tej działalności wydawał kilkustronicowe miesięczniki: Okólnik Związku Młodzieży Polskiej Męskiej w Częstochowie i Okólnik Związku Młodzieży Polskiej Żeńskiej w Częstochowie. 12 stycznia 1932 r. Wydział Prawa Kanonicznego KUL wydał uchwałę, w której zlecił ks. dr. Czajce prowadzenie wykładów. Wykłady te prowadził przez 4 lata.

Z początkiem roku akademickiego 1936/37, po śmierci ks. dr. Karola Makowskiego, bp Teodor Kubina powierzył ks. dr. Stanisławowi Czajce stanowisko rektora Częstochowskiego Seminarium Duchownego w Krakowie. Ks. Czajka przygotował w tym czasie do druku pracę: Powołanie kapłańskie i obowiązki kapłańskie w świetle uchwał I Synodu Plenarnego na Jasnej Górze 1936 r. Pracę tę drukowano w Sosnowcu. Nie ukazała się ona jednak na półkach księgarskich, ponieważ jej druk przerwały działania wojenne.

Normalny i spokojny tryb pracy rektorskiej ks. Czajki zakłóciła wojna. W pierwszych miesiącach wojny zamknięto Uniwersytet Jagielloński, a jego profesorów wywieziono do Oranienburga. Na początku roku akademickiego 1939/40, 5 listopada, niemieckie władze wydały nakaz eksmisyjny. Seminarium Duchowne musiało opuścić zajmowany do tej pory gmach. Mimo czterokrotnych eksmisji udało się utrzymać Seminarium i prowadzić wykłady. Było to możliwe dzięki sile ducha, nadzwyczajnej energii i poczuciu obowiązku wobec Ojczyzny i Kościoła, jakie posiadał Ksiądz Rektor, a także dzięki zrozumieniu kard. Adama Sapiehy i poparciu krakowskich profesorów.

Stanowisko rektora Częstochowskiego Seminarium Duchownego w Krakowie ks. Czajka pełnił do 1944 r. Papież Pius XII mianował go - na miejsce zmarłego w 1943 r. bp. Antoniego Zimniaka - biskupem tytularnym Centurii Numidyjskiej i biskupem pomocniczym częstochowskim. Był jedynym Polakiem mianowanym biskupem w czasie II wojny światowej. Sakrę biskupią przyjął 28 października 1944 r. Konsekratorem był bp Teodor Kubina, a współkonsekratorami biskup katowicki Stanisław Adamski i biskup pomocniczy katowicki Juliusz Bieniek. Mianowano go równocześnie wikariuszem generalnym w diecezji. 6 lutego 1946 r. otrzymał nominację na egzaminatora prosynodalnego z zakresu prawa kanonicznego. Jakiś czas później został konsultorem diecezjalnym. W 1947 r. powierzono mu zarząd parafią św. Barbary w Częstochowie, lecz nie przyjął go ze względów zdrowotnych. Od 23 grudnia 1948 r. pełnił obowiązki proboszcza w parafii św. Zygmunta w Częstochowie. W tym samym czasie pracował w Kurii Diecezjalnej. W czerwcu 1951 r. bp Zdzisław Goliński zlecił mu oraz ks. Alojzemu Jatowtowi i ks. Stanisławowi Zimorowiczowi przygotowanie petycji do Stolicy Apostolskiej, aby ta wyraziła zgodę na utworzenie Kapituły Katedralnej częstochowskiej. Po jej utworzeniu bp Czajka mianowany został prepozytem Kapituły Katedralnej w Częstochowie.

Po śmierci bp. T. Kubiny, od 13 lutego do 17 czerwca 1951 r., pełnił rządy wikariusza generalnego. Drugi raz rządził diecezją po śmierci bp. Zdzisława Golińskiego, tj. od 6 lipca 1963 r. do 5 lutego 1964 r. W czasie pełnienia obowiązków biskupa pomocniczego wizytował wiele parafii. Był również wizytatorem zakonów i zgromadzeń żeńskich. Troskliwie opiekował się seminariami częstochowskimi: Niższym Seminarium Duchownym w Częstochowie i Wyższym Seminarium Duchownym Diecezji Częstochowskiej w Krakowie. Po objęciu rządów w diecezji przez ks. dr. Stefana Barełę (trzeci biskup częstochowski), 22 lutego, bp Czajka mianowany został wikariuszem generalnym. We wrześniu zaś rozpoczął przewodniczenie w Komisji ds. Muzyki i Śpiewu Kościelnego. Mimo żywego zainteresowania obradami II Soboru Watykańskiego, nie dane mu było uczestniczyć w żadnej z sesji.

W związku z postępującą chorobą bp Czajka został skierowany na leczenie. Zanim udał się na urlop zdrowotny, bierzmował młodzież w swojej parafii. Brał również udział w Dniach Maryjnych diecezji przemyskiej. Stamtąd wyjechał do Kołobrzegu na kurację. 3 lipca wrócił do Częstochowy. Wieczorem uczestniczył jeszcze w Apelu Jasnogórskim.

Rankiem 4 lipca 1965 r. nastąpił atak serca. Mimo natychmiastowej pomocy lekarskiej bp S. Czajka zmarł o godz. 13.50. Na ostatnią drogę w sakramenty święte zaopatrzył biskupa o. Marian Toth z Jasnej Góry. Do ostatniej chwili Ksiądz Biskup zachowywał przytomność umysłu. " Matuchno Kochana, zabierz już swego biednego robaczka" - to jego ostatnie słowa. Zaznaczyć trzeba, że bp Czajka był gorliwym czcicielem Matki Bożej Częstochowskiej i swego patrona św. Stanisława Kostki.

Jeszcze w dniu zgonu przeniesiono zwłoki do kościoła św. Zygmunta. 5 lipca trumnę wystawiono w bazylice katedralnej. Uroczystości pogrzebowe odbyły się 6 lipca 1965 r., przy udziale Prymasa Polski Stefana Kardynała Wyszyńskiego, abp. Karola Wojtyły - metropolity krakowskiego, bp. Stefana Bareły - ordynariusza częstochowskiego, bp. Antoniego Pawłowskiego - ordynariusza włocławskiego i wielu innych.

Bp Stanisław Czajka pochowany został w krypcie bazyliki katedralnej w Częstochowie.

Ksiądz Biskup w swoim herbie umieścił krzyż z ołtarza Wita Stwosza w kościele Mariackim w Krakowie. Podkreślił w ten sposób swój związek z Krakowem, gdzie pracował jako rektor Seminarium częstochowskiego. W tle znajduje się palący się Wieluń, szpital i kolegiata wieluńska, zbombardowana 1 września 1939 r. Zawołaniem bp. Czajki były słowa: " Mihi vivere Christus - Moim życiem Chrystus".