Czasy komunizmu

Po zajęciu Estonii przez Związek Radziecki w 1940 r., abp Profittlich został aresztowany, a w 1942 r. rozstrzelany jako „kontrrewolucjonista” (od 2004 r. trwa jego proces beatyfikacyjny). Wydalono też nuncjusza apostolskiego, abp. Antonio Aratę, który zabrał ze sobą do Watykanu flagi Łotwy i Estonii, obiecując, że przechowa je do czasu odzyskania przez te państwa niepodległości. W 1945 r. do łagru deportowano tymczasowego administratora apostolskiego, luksemburskiego jezuitę o. Henriego Werlinga (1897-1961). Uwolniony w 1954 r., nie chciał wyjechać zagranicę, lecz postanowił spędzić resztę życia w Estonii.

Od 1952 r. w Tallinie posługę duszpasterską pełnił - przez 35 lat - ks. Mikielis Krumpans (1916-1987). Mieszkał w kościelnej wieży. Władze zabraniały organizowania spotkań i zakładania katolickich organizacji. Nie wolno było wydawać katolickiej literatury, ani nawet przygotowywać dzieci do Pierwszej Komunii. Zakazany był także aktywny udział dzieci i młodzieży w liturgii, np. jako ministranci lub członkowie chóru. Kościół katolicki ponownie stał się Kościołem Polaków i Litwinów, gdyż było zaledwie kilkoro rodowitych Estończyków-katolików.

Sytuacja zaczęła się zmieniać w latach 70., gdy zelżał nacisk ze strony państwa. Liczba osób przychodzących do kościoła zaczęła rosnąć. Od 1975 do 2000 r. w Tallinie ochrzczono około 200 dorosłych Estończyków. Nawróciła się m.in. znacząca liczba intelektualistów.

Po śmierci ks. Krumpansa, odpowiedzialność za Kościół w Estonii przejął wyświęcony zaledwie dwa lata wcześniej w Rydze ks. Rein Õunapuu. W 1989 r. zaczął on wydawać miesięcznik „Kiriku Elu” (Życie Kościoła), który zdobył popularność także poza kręgami katolickimi.

Drugie odrodzenie

W 1990 r. powstała parafia w Ahtme. Był to rok odzyskania niepodległości przez Estonię. Kolejne parafie założono w Tallinie (greckokatolicka w 1991 r.) i w Sillamäe (1993). W Tartu powstała szkoła katolicka (1993), a w dzielnicy Pirita w Tallinie znów zamieszkały siostry brygidki (2001).

10 września 1993 r. kilkugodzinną wizytę w Tallinie złożył papież Jan Paweł II. Odprawił Mszę św. na Rynku, odwiedził katedrę katolicką, wziął udział w nabożeństwie ekumenicznym i skierował przesłanie do intelektualistów. Całe społeczeństwo z uwagą śledziło tę wizytę.

Od 1992 r. kolejni nuncjusze apostolscy w krajach bałtyckich (abp Justo Mullor Garcia, abp Erwin Ender i abp Peter Zurbriggen) byli jednocześnie administratorami apostolskimi Estonii, aż do czasu, gdy w 2005 r. funkcję tę objął ks. Philippe Jourdan z Francji, który od dziewięciu lat pracował już w Tallinie.

Kościół katolicki w Estonii liczy obecnie niespełna 6 tys. wiernych (na 1,3 mln mieszkańców kraju), skupionych w 10 parafiach. Według danych z kwietnia 2018 r., pracę duszpasterską wśród nich pełni jeden biskup, 12 księży diecezjalnych i zakonnych (dominikanów), 18 sióstr zakonnych (brygidek, niepokalanek, misjonarek miłości i felicjanek) i jeden brat zakonny (dominikanin). Działa tam też prałatura personalna Opus Dei (której numerariuszem jest bp Jourdan) i założone w 2016 r. diecezjalne seminarium misyjne „Redemptoris Mater” (pierwsze seminarium duchowne w historii Estonii!). W Tallinie ma swą siedzibę Caritas Estonia, zaś w Tartu i Kodasemie czynne są katolickie ośrodki wychowawcze.