1 września 1939 r. Niemcy hitlerowskie rozpoczęły działania wojenne. W czwartym dniu ofensywy oddziały niemieckie wtargnęły do Kielc. Atakowane z ziemi i powietrza, miasto zostało zajęte 5 września.
Sytuacja ludności była bardzo ciężka. W Kielcach Niemcy utworzyli cztery przejściowe jenieckie obozy, w których w latach okupacji przebywało łącznie ponad 5 tys. ludzi. Więzieni tam byli również przedstawiciele duchowieństwa.
Tereny diecezji znalazły się w obszarze utworzonego przez Niemców Generalnego Gubernatorstwa. Powiat miechowski, pińczowski, część olkuskiego z Wolbromiem włączono do dystryktu krakowskiego. Pozostałe tereny - z Kielcami, Jędrzejowem - przyłączono do dystryktu radomskiego. Zachodnie krańce diecezji, z Olkuszem i Sławkowem, zostały wcielone do Rzeszy. Dla tej części diecezji biskup diecezjalny Czesław Kaczmarek mianował wikariuszem generalnym ks. prał. Piotra Mączkę.
W liście pasterskim z 24 września 1939 r. bp Czesław Kaczmarek zaapelował do wiernych i kapłanów diecezji: „Niech każdy co prędzej zabiera się do pracy i pracuje dużo więcej i uczciwiej niż dotąd. Czy to w polu, czy przy domu, w warsztacie czy przy biurku, niechaj każdy spełnia to, czego chce od niego Bóg. Zagon polski trzeba obsiać siewem zdrowym i płodnym, żeby dał setny owoc. Nie siejcie plew zamiast ziarna. Nie róbcie nic lada jak, ale wszystko całym sercem i duszą całą”.
Kościół kielecki starał się od początku wojny udzielać pomocy poszkodowanej ludności cywilnej. Duchowieństwo brało żywy udział w tworzących się organizacjach pomocowych i zachęcało do tego wszystkich wiernych. Kwestia pomocy potrzebującym stała się również priorytetową dla wszystkich zgromadzeń zakonnych na terenie diecezji, które w myśl apelu bp. Kaczmarka zajęły się głównie dziełami miłosierdzia. Przez cały okres wojny większość środków finansowych (ok. 60%) Kuria przeznaczała na dzieła charytatywne.
Jedną z pierwszych organizacji, która pośpieszyła z pomocą represjonowanej ludności cywilnej, była Caritas diecezjalna. W parafialnych oddziałach, którymi kierowali proboszczowie, Caritas pomagała na różne sposoby. Przede wszystkim zorganizowała stołówki dla ubogich, z których dziennie korzystało blisko 2 tys. osób. Czynnie angażowała się także w działalność konspiracyjną. Ponadto świadczyła pomoc więźniom, jeńcom, ofiarom obozów koncentracyjnych i ich rodzinom poprzez dostarczanie paczek żywnościowych, wymianę listów. W prowadzonych ochronkach Caritas opiekowała się bezdomnymi sierotami, ubogimi dziećmi. Systematycznie organizowała wypoczynek letni dla najmłodszych.
Bp Kaczmarek wielokrotnie zarządzał w kościołach kwesty na zakupienie odzieży i obuwia dla potrzebujących. Przy centrali Caritas powstała Chrześcijańska Kasa Bezprocentowa, której pożyczki pozwalały drobnym przedsiębiorcom na uruchomienie warsztatów i zatrudnienie w nich ludzi.
Zakres i siła oddziaływania Kościoła kieleckiego na polu charytatywnym daleko przekraczały ramy diecezji.
W czasach okupacji Seminarium kieleckie kształciło nie tylko własnych alumnów. Dzięki ofiarności i życzliwości bp. Kaczmarka przyjmowano także alumnów rozwiązanych seminariów z terenów diecezji: chełmińskiej, gnieźnieńsko-poznańskiej, płockiej, wrocławskiej, łuckiej, łódzkiej, lubelskiej, warszawskiej, wileńskiej i sandomierskiej. Łącznie spoza diecezji w Seminarium w czasie trwania II wojny światowej studiowało 86 alumnów.
Kościół kielecki udzielał także szerokiej pomocy materialnej i schronienia zakonnikom różnych zgromadzeń, przyjmował ściganych przez gestapo kapłanów. W 1941 r. bp Kaczmarek przyjął 62 takich kapłanów.
Od początku wojny aż po jej zakończenie bp Czesław starał się otaczać troską inteligencję, upatrując w środowisku ludzi wykształconych nadzieję na przetrwanie polskiej kultury i ocalenie ducha narodowego. Kościół angażował się w prowadzenie tajnego nauczania. Dla młodzieży licealnej, która nie mogła uczęszczać do szkoły, rektor Seminarium, ks. Jan Jaroszewicz, utworzył specjalne wykłady licealne, prowadzone częściowo przez profesorów Seminarium.
To w Kielcach, w latach 1943-45, działał Katolicki Uniwersytet Lubelski. W jego ramach prowadzono studia na dwóch Wydziałach: Prawa oraz Nauk Społecznych i Ekonomicznych. Wykłady prowadzone przez wybitną kadrę profesorską - w tym również przedstawicieli duchowieństwa kieleckiego - odbywały się w mieszkaniach prywatnych oraz w domu biskupim i w biurach Kurii Diecezjalnej. W tym samym czasie rozwijał się Tajny Uniwersytet Ziem Zachodnich, który zainicjował w Kielcach prof. T. Konopiński z Uniwersytetu Poznańskiego. Obie tajne uczelnie wspierał materialnie i duchowo bp Kaczmarek.
Diecezja kielecka była otwarta również na ludność napływową, wysiedloną z trenów Pomorza, Poznania, Kujaw, Mazowsza i Śląska. Do przyjmowania wysiedleńców Ksiądz Biskup namawiał wiernych, nawołując do solidarności i życzliwości wobec tych, którzy szukali schronienia na ziemiach Kielecczyzny. Sam angażował się w zapewnienie im zatrudnienia. Nie inaczej było u kresu Powstania Warszawskiego, kiedy to tysiące ludzi uciekających ze stolicy przybywało do Kielc. Ksiądz Biskup zmobilizował wszystkie domy zakonne do niesienia pomocy.
Niełatwa była sytuacja Wyższego Seminarium Duchownego. Po zbombardowaniu Kielc przez lotnictwo niemieckie, decyzją bp. Kaczmarka, gmach Seminarium został zaadaptowany na szpital. Tutaj znaleźli schronienie i opiekę medyczną ciężko ranni cywile. Alumni i profesorowie gromadzili się początkowo w prywatnym domu i u sióstr nazaretanek przy ul. Słowackiego. 27 września 1940 r. gestapo przejęło całkowicie budynek Seminarium, pozwalając profesorom i alumnom na zabranie jedynie osobistych rzeczy. Wówczas Seminarium ulokowano w Domu Księży Emerytów. Chociaż w 1941 r. zakaz został cofnięty przez Niemców, udało się odzyskać jedynie część budynku. Po utworzeniu getta dla ludności żydowskiej alumni przenieśli się do budynku przy ul. Niecałej 5.
Mimo szeregu utrudnień władz okupacyjnych: przejawiających się w zakazach, nakazach i ograniczeniach, życie religijne w diecezji nie straciło swojej żywotności. Kościoły były czynne, a wierni brali udział w niedzielnej Mszy św., odprawiano nabożeństwa związane z okresami liturgicznymi, młodzież i dzieci uczęszczały regularnie na lekcje religii. Szacuje się, że w 790 szkołach uczyło 376 księży. Jako pasterz diecezji, bp Kaczmarek nawet w trudnych warunkach nie zaprzestał wizytacji kanonicznych parafii. Intensywnie rozwijał się kult Serca Jezusa z praktykowaniem pierwszych piątków miesiąca, połączony z adoracją Najświętszego Sakramentu i przystępowaniem wiernych do sakramentu pokuty, wprowadzono nabożeństwo pierwszych czwartków miesiąca. W celu przybliżenia wiernym tajemnicy Eucharystii zaczęto praktykować Msze recytowane.
Aby rozszerzyć działalność katechetyczną na terenie diecezji, bp Kaczmarek powołał Diecezjalny Urząd Katechetyczny, który koordynował prace katechetów na terenie całej diecezji.
Mimo piętrzących się trudności w okupacyjnej codzienności duchowieństwo wykazywało dużą troskę o własne przygotowanie teologiczne i formację. Kapłani uczestniczyli w corocznych rekolekcjach zamkniętych, a w latach 1940-41 dla sióstr zakonnych organizowano dwa razy w miesiącu cykl wykładów pogłębiających ich formację duchową. Dużą rolę w pracy duszpasterskiej księży odgrywał również Przegląd Diecezjalny wydawany do 1943 r. przez „Jedność”.
Kościół kielecki czynnie angażował się także w nurt walki niepodległościowej. Bp Kaczmarek przystąpił do Chrześcijańskiej Unii Oporu i udzielił poparcia nowo zawiązanej w 1942 r. Armii Krajowej. W działalność konspiracyjną, która intensywnie rozwijała się na terenie Gór Świętokrzyskich, włączyło się duchowieństwo. Kościół kielecki sprawował stałe duszpasterstwo w oddziałach AK. Wśród blisko 100 kapelanów AK z terenu diecezji znaleźli się księża czasowo przebywający na jej terenie. Po zaprzysiężeniu kapelani odprawiali nabożeństwa w lesie, ale też sprawowali sakramenty święte i urządzali pogrzeby zmarłym żołnierzom.
Bilans strat wojennych diecezji kieleckiej obejmował nie tylko liczne zniszczone świątynie. Na 357 kapłanów pracujących w diecezji przed 1 września 1939 r., w czasie wojny 46 represjonowano, 8 rozstrzelano, 22 znalazło się w obozach koncentracyjnych. Ocalało z tej liczby 12 księży.
Łącznie diecezja straciła 60 kapłanów. Z drugiej jednak strony, Kościół kielecki, solidarny ze społeczeństwem w cierpieniu, mocno zaangażowany w niesienie pomocy potrzebującym i w nurt walki niepodległościowej, poświęcający się dla wolności Ojczyzny, zyskał nową siłę - niezwykle ważną dla nadchodzących wówczas czasów wojującego ateizmu epoki PRL-u.

W artykule wykorzystano opracowania:
Księga jubileuszu stulecia diecezji kieleckiej (1883-1983), Kielce 1983.
J. Śledzianowski, Ksiądz Czesław Kaczmarek, Biskup kielecki 1895-1963, Kielce 1991.
D. Olszewski, Diecezja Kielecka 1809-1985, Kielce 1985.