Ks. prof. dr hab. Józef Naumowicz jest wybitnym patrologiem, uznanym badaczem historii starożytnej, zwłaszcza historii wczesnego chrześcijaństwa i późnego antyku, także historii Bizancjum i starożytnej Armenii. Jest kierownikiem katedry historii starożytnej na Uniwersytecie Kardynała Stefana Wyszyńskiego, także wykładowcą na Papieskim Wydziale Teologicznym w Warszawie.

W ostatnim czasie największy rezonans w świecie naukowym i medialnym uzyskały cztery jego książki: "Geneza chrześcijańskiej rachuby lat" (Warszawa 2000), "Prawdziwe początki Bożego Narodzenia" (Warszawa 2014), "Historia świątecznej choinki" (Kraków 2016), "Filokalia – teksty o modlitwie Jezusowej" (Kraków 2014; książka doczekała się kilku wydań i wielu dodruków).

Obecnie realizuje trzy projekty naukowe, na które uzyskał granty w ramach Narodowego Programu Rozwoju Humanistyki Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, m.in. projekt pt. „Ikonoklazm bizantyński - spór o koncepcję obrazu religijnego. Główne teksty źródłowe” (5 tomów, wydawanych w nowej serii Biblioteka Bizantyńska).

Wyrazem uznania dla jego osiągnięć badawczych jest powołanie go do gremiów naukowych lub na ważne funkcje w tych gremiach: był wybrany na prezesa Komisji Patrologów Polskich (2001-2007), wiceprzewodniczącego Komisji Bizantynologicznej PAN (na dwie kadencje 2007-2014), członka Komitetu Nauk o Kulturze Antycznej PAN (obecnie druga kadencję); na członka Komitetu Nauk Historycznych PAN (2012-2014).

Kieruje dwoma seriami przekładów z języków starożytnych (Biblioteka Ojców Kościoła, Biblioteka Bizantyńska), jest członkiem redakcji innych serii naukowych oraz członkiem organizacji naukowych polskich i zagranicznych.

Ma także znaczące osiągnięcia dydaktyczne jako rzetelny i kompetentny wykładowca. Wypromował 17 doktorów i 62 magistrów. Był recenzentem 37 rozpraw doktorskich, 14 habilitacyjnych oraz 15 profesorskich.

Otrzymał odznaczenia i nagrody za osiągnięcia naukowe: Medal Komisji Edukacji Narodowej, Złoty Krzyż Zasługi, nagrodę ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego, nagrodę Stowarzyszenia Wydawców Katolickich FENIKS.

Jako birytualista odprawia liturgię w rycie rzymskokatolickim i ormiańskiokatolickim, od 2016 jest duszpasterzem ormiańskokatolickiej parafii centralnej pw. św. Grzegorza z Nareku w Warszawie, a od 2018 także administratorem ormiańskokatolickiej parafii południowej pw. św. Grzegorza Oświeciciela z siedzibą w Gliwicach. W 2017 został uhonorowany godnością „dzajragujn wardapeta” (protoarchimandryty) przez ormiańskokatolickiego ordynariusza Europy Wschodniej abp. Rafaela Minassiana.