Każdą z sesji plenarnych poprzedzały prace Komisji Głównej, w której skład wchodziło 14 członków: bp Andrzej Suski, bp Józef Szamocki, ks. inf. Tadeusz Nowicki, ks. prał. Andrzej Wawrzyniak, ks. prał. dr Andrzej Nowicki, ks. prał. Stanisław Majewski, ks. prał. Stanisław Kardasz, ks. prał. Józef Nowakowski, ks. kan. Adam Ceynowa, ks. kan. dr Marian Wróblewski, ks. kan. dr Rajmund Ponczek, ks. dr Stanisław Cierkowski, ks. kan. Krzysztof Badowski, s. Katarzyna Pawlak.
Zazwyczaj członkowie Komisji Głównej spotykali się 2 razy przed każdą z sesji plenarnych. Jedno spotkanie miało miejsce przed pierwszą, piątą i szesnastą sesją, a 3 przed szóstą. Średni czas spotkań Komisji Głównej wynosił 3 godziny, co w całym Synodzie daje 90 godzin pracy samej komisji.
Komisja Główna podczas swoich spotkań opracowywała materiał, który był prezentowany na spotkaniach plenarnych. Czyniąc to, uwzględniała również nadesłane poprawki, sugestie i propozycje Dekanalnych Zespołów Synodalnych.
W każdym z dekanatów nad materiałem roboczym pracowały powołane do tego specjalne zespoły, których zadaniem było zapoznanie się z przygotowanymi propozycjami statutów i aneksów oraz zgłaszanie ewentualnych poprawek. Najbardziej pracowity okazał się zespół synodalny z dekanatu Lidzbark Welski. Od tego zespołu do Komisji Głównej napłynęło 12 protokołów z posiedzeń, we wszystkich zgłoszono merytoryczne poprawki.
Po przygotowaniu przez Komisję Główną określonej partii materiału odbywały się sesje plenarne. Każda sesja rozpoczynała się Mszą św. w Sanktuarium Matki Bożej Nieustającej Pomocy w Toruniu. We wszystkich Eucharystiach uczestniczyli klerycy z Wyższego Seminarium Duchownego w Toruniu.
Po liturgii uczestnicy Synodu przechodzili do kaplicy szkolnej na obrady, ale wcześniej w korytarzu miało miejsce podpisywanie list obecności, a przed pierwszymi obradami także podpisanie wyznania wiary, które zostało złożone podczas Mszy św. przed zgromadzeniem liturgicznym.
Obrady każdej z sesji trwały średnio ok. 5 godzin, wliczając w to także przerwę na posiłek i kawę. Posiłek odbywał się w Domu Pielgrzyma prowadzonym przez ojców redemptorystów. Obrady rozpoczynały się ok. godz. 11, a kończyły ok. godz. 16.
Do I Synodu Diecezji Toruńskiej Ksiądz Biskup powołał 144 członków, taka liczba była w dniu inauguracji. W trakcie trwania Synodu Ksiądz Biskup wydawał dekrety powołujące i odwołujące członków z różnych powodów, tak że w dniu ostatniej sesji plenarnej ta liczba wynosiła 142 osoby, uwzględniając śmierć dwóch kapłanów - śp. ks. Ryszarda Czepka i śp. ks. Feliksa Miszewskiego.
Prezentacja materiału roboczego była co jakiś czas przerywana przez sekretarza Synodu i następowała dyskusja oraz głosowania. Każdy z obecnych miał prawo zabrać głos. Z tego prawa nie skorzystało aż 110 członków. Niektórzy jednak byli bardzo aktywni i chętnie włączali się w dyskusję. Najbardziej aktywnym członkiem Synodu okazał się ks. Zbigniew Żynda. Żywo włączali się w dyskusję także: ks. prał. Andrzej Wawrzyniak, ks. kan. Wojciech Raszkowski, Michał Leszczyc-Grabianka.
Jeżeli chodzi o materiał roboczy, czyli projekty statutów i aneksów do statutów, to zarówno liczba statutów, jak i aneksów uległa zmianie. Statutów wyjściowych było 521 i liczba ta zmniejszyła się do 481. Stało się tak ze względu na to, że niektóre statuty zostały albo skreślone, albo połączono je. Zwiększyła się natomiast liczba aneksów. Aneksów wyjściowych było 43, a obecnie mamy ich 56. W trakcie czytania lub po odczytaniu materiału zawsze miała miejsce dyskusja, jednak nad 84 statutami i 125 punktami z aneksów do statutów w ogóle nie dyskutowano, dlatego że ich treść nie budziła żadnych zastrzeżeń.
W prace I Synodu Diecezji Toruńskiej włączyło się Wyższe Seminarium Duchowne w Toruniu. Podczas każdej sesji pracowały 2 grupy kleryków pod czujnym okiem ks. kan. Krzysztofa Badowskiego. Pierwsza grupa to członkowie komisji skrutacyjnej, których zadaniem było czuwanie nad dyskusją podczas obrad, zliczanie głosów i sporządzanie protokołu z głosowania. Druga grupa to grupa logistyczna, do której należało 10 kleryków i ich zadaniem było przygotowanie miejsca posiłku, posługa stołu, a także troska o listy obecności. Obie grupy przygotowywały salę obrad w przeddzień każdej z sesji. Średni czas przygotowań wynosił ok. 90 min.
Wszystkie sesje plenarne oprócz zapisu dźwiękowego posiadają bogatą dokumentację fotograficzną, o którą zadbał kleryk Paweł Murawski. Oprócz dokumentacji dźwiękowej i fotograficznej, z każdej sesji został sporządzony protokół. Protokolantami byli: s. Katarzyna Pawlak, ks. kan. Krzysztof Badowski oraz dk. Marcin Sokołowski. S. Katarzyna ponadto zajęła się archiwizacją całego wypracowanego materiału.