W 1968 roku Jan Waszkiewicz rozpoczął oficjalnie działalność opozycyjną względem władz komunistycznych PRL i został aktywnym uczestnikiem tzw. wydarzeń marcowych. W latach 1976-1980 był współpracownikiem Komitetu Obrony Robotników, a następnie Komitetu Samoobrony Społecznej KOR . W czerwcu 1977 roku został sygnatariuszem petycji wrocławskich naukowców w obronie aresztowanych członków i współpracowników KOR. W latach 1979-1980 uczestniczył w nieformalnych spotkaniach opozycji wrocławskiej w ramach tzw. Rady Jedności. Najbardziej aktywną działalność prowadził od roku 1980, najpierw w Towarzystwie Kursów Naukowych w tzw. „ Latającym Uniwersytecie”, potem był doradcą strajkujących w zajezdni MPK nr 7 przy ul. Grabiszyńskiej we Wrocławiu. 1 września 1980 roku został członkiem NSZZ „ Solidarność”, a następnie przewodniczącym Komisji Zakładowej „ Solidarności” na Politechnice Wrocławskiej.

Był delegatem na I Krajowy Zjazd „ Solidarności”, a potem został członkiem Prezydium Komisji Krajowej tego związku i działał w zespole Ekspertów Edukacyjnych. Od samego początku stanu wojennego brał udział w strajku w Stoczni Gdańskiej. 16 grudnia 1981 roku aresztowano Go i osadzono w areszcie śledczym w Gdańsku. Sądzono Go i skierowano na „ inernację psychiatryczną” do Lubiąża. W dniu 28 maja 1982 wyrokiem Sądu Wojewódzkiego w Gdańsku został uniewinniony. Potem był członkiem Rady Edukacji Narodowej oraz założycielem i przewodniczącym niezależnej i alternatywnej Dolnośląskiej Rady Edukacji.

Prof. Jan Waszkiewicz był współorganizatorem Duszpasterstwa Ludzi Pracy, a w czasie stanu wojennego aktywnie uczestniczył w życiu Duszpasterstwa Akademickiego „ Wawrzyny”. Przez kilka lat regularnie pielgrzymował z Wrocławia na Jasną Górę. Podczas tych pielgrzymek był prelegentem chętnie zapraszanym do wszystkich grup.

W 1998 roku radni Sejmiku Wojewódzkiego wybrali Go pierwszym Marszałkiem Województwa Dolnośląskiego. Funkcję tą pełnił przez trzy lata.

Piękną działalność i postawę ś/p prof. Jana Waszkiewicza przypomniano w homilii i w kilku mowach pogrzebowych. Ks. Wojciech Zięba, który od kilkudziesięciu lat znał i przyjaźnił się z prof. Waszkiewiczem wskazał w homilii, że posługując w parafii, do której należał Zmarły mógł się przekonać, zobaczyć jak po tych różnych latach, po przejściach Polski dojrzewało i owocowało życie prof. Jana Waszkiewicza.

- Eucharystia to dziękczynienie. Nie przyszliśmy tutaj, żeby płakać, choć po ludzku płaczemy, widzimy Jezusa, który też płacze na wiadomość , że Łazarz nie żyje. Ale to jest tylko jeden z etapów, bo otwieramy się na nowe życie, na miłość, na świętość i wierzymy, że nasz brat Jan już jest tym świętym, bo sam już zanurzył się w tej Ojczyźnie Miłości- podkreślił ks. Zięba.

Uczestniczący w uroczystościach pogrzebowych Prezes Rady Ministrów Mateusz Morawiecki odwołał się w swoim wystąpieniu do słów św. Jana od Krzyża, który mówił, że na Sądzie Ostatecznym zdamy przede wszystkim sprawę z naszych uczynków miłości. Podkreślił w tym kontekście, że prof. Jan Waszkiewicz egzaminował w swoim życiu bardzo wielu studentów, a teraz przyszło Mu stanąć przed najważniejszym egzaminem, egzaminem z miłości.

- Ja jestem pewien, że zdaje go celująco, bo w swojej przebogatej biografii, jako człowiek obdarzony tyloma talentami, mógł je przekazywać innym i potrafił żadnego z nich nie zakopać. Wszystkie je pielęgnował i dawał innym ludziom. Był wspaniałym człowiekiem, który uczył innych życzliwości w najtrudniejszych czasach. Miał taką duszę z jednej strony człowieka, który wie, że z mozołem krok po kroku trzeba budować wolną Polskę w każdych czasach, budować dobro. Ale miał też duszę romantyka. Po moich wielu rozmowach z Nim jestem głęboko przekonany, że rzucił swoje życie jak kamień na szaniec. Dziękuję Mu za wspaniałe lekcje, wielkie wspaniałe życie, za otwartość i życzliwość, o których pisał już później w latach wolności, że musza być warunkiem każdego spotkania z drugim człowiekiem, warunkiem każdej dobrej rozmowy. On w swoich czynach dobra, czynach miłości zatrzymał czas, zawarł jakby czas i zwyciężył śmierć-akcentował premier Mateusz Morawiecki.

Za taką piękną postawę, działalność dziękowali w swoich wystąpieniach również : wojewoda dolnośląski Jarosław Obremski, Marszałek Województwa Dolnośląskiego Cezary Przybylski, prezydent Wrocławia Jacek Sutryk oraz Tomasz Wójcik z dolnośląskiej „ Solidarności”. Marszałek Cezary Przybylski poinformował, że podjął decyzję o ustanowieniu nowej nagrody imienia Jana Waszkiewicza- Regionalnego Odznaczenia wręczanego za wybitne zasługi na rzecz rozwoju Dolnego Śląska, a prezydent Wrocławia Jacek Sutryk przekazał, że Kapituła Medalu „ Wrocław z wdzięcznością” postanowiła tym najwyższym wrocławskim odznaczeniem uhonorować pośmiertnie prof. Jana Waszkiewicza.