Z chwilą śmieci Papieża zaczął się okres zwany wakatem lub wakansem Stolicy Apostolskiej (od łac. vacatum - zwolnione, np. stanowisko lub urząd), który kończy się w momencie wyboru nowego papieża. W 1996 r. Jan Paweł II wydał specjalną konstytucję apostolską Universi Dominici Gregis, w której zajął się sprawą wakatu Stolicy Apostolskiej oraz ustalił warunki i normy wyboru biskupa Rzymu. Z jednej strony Papież potwierdził tysiącletnie praktyki oraz normy zawarte w Kodeksie Prawa Kanonicznego i konstytucji apostolskiej Pastor Bonus z 1988 r., którą zreformował Kurię Rzymską, z drugiej - ustalił nowe, aby odpowiedzieć na wymagania epoki i zapewnić odpowiednie warunki pobytu kardynałów elektorów w Watykanie.
Konstytucja zawiera zasadnicze stwierdzenie, że „w czasie wakatu Stolicy Apostolskiej Kolegium Kardynałów nie posiada żadnej władzy lub jurysdykcji w sprawach należących do papieża za jego życia ani w wypełnianiu funkcji wynikających z jego urzędu”. Zajmuje się jedynie szybkim załatwieniem „spraw zwyczajnych lub spraw, których załatwienia nie można odłożyć”, i spraw związanych z przygotowaniem i przeprowadzeniem konklawe.
Kardynałowie spotykają się w dwojakiego rodzaju gremiach: ogólnych i partykularnych. Wszyscy purpuraci uczestniczą w tzw. kongregacjach ogólnych (mogą w nich brać udział także ci, którzy ze względu na ukończony 80. rok życia nie mają prawa do wyboru papieża). Natomiast w skład kongregacji partykularnej wchodzą: kardynał kamerling Świętego Kościoła Rzymskiego (jest nim, jak już wspomniałem, hiszpański purpurat Eduardo Martínez Somalo - emerytowany prefekt Kongregacji ds. Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego) i trzech kardynałów, tzw. kardynałów asystentów, po jednym z każdego stopnia (istnieją trzy stopnie kardynalskie: biskupi, prezbiterski i diakoński), wylosowanych spośród kardynałów elektorów przybyłych już do Rzymu. Urząd trzech kardynałów asystentów ustaje po trzech dniach, a ich miejsce zajmują nowi, wybrani w drodze losowania.
Kongregacjom ogólnym, które zajmują się najważniejszymi kwestiami, przewodniczy dziekan Kolegium (jest nim kard. Joseph Ratzinger - prefekt Kongregacji Nauki Wiary). Podczas kongregacji partykularnych podejmowane są jedynie codzienne sprawy, które mają jednak istotne znaczenie dla sprawnego przebiegu przygotowań do pogrzebu i konklawe. Dlatego w czasie wakatu Stolicy Apostolskiej kardynał kamerling jest prawdziwym „motorem” działań.
Na pierwszych kongregacjach kardynałowie podejmują najpilniejsze decyzje, tzn. ustalają datę i sposób przeniesienia zwłok zmarłego papieża do Bazyliki Watykańskiej, gdzie wierni oddają mu cześć, oraz harmonogram ceremonii pogrzebowych tak, by złożenie do grobu ciała papieża odbyło się między 4. a 6. dniem po jego śmierci, analizują testament i inne dokumenty zostawione przez zmarłego papieża, a następnie ustalają datę rozpoczęcia konklawe. Kardynałowie powinni również wybrać dwóch kaznodziejów, których zadaniem jest przeprowadzenie rozważań przed konklawe.
W tym czasie kardynał kamerling i kardynałowie pełniący dotąd funkcje sekretarza stanu i przewodniczącego Papieskiej Komisji ds. Państwa Watykańskiego muszą przygotować pomieszczenia dla kardynałów oraz zadbać o odpowiednie przygotowanie Kaplicy Sykstyńskiej.
Jak wynika z powyższych informacji, w czasie wakatu władza w Watykanie przechodzi w ręce kardynałów pod przewodnictwem kardynała kamerlinga i dziekana Kolegium Kardynalskiego. Tym bardziej że z chwilą śmierci papieża wszyscy szefowie dykasterii Kurii Rzymskiej (sekretarz stanu, prefekci kongregacji i przewodniczący rad) przestają wypełniać swe urzędy. Są jednak pewne i umotywowane wyjątki: wspomniany już kamerling Świętego Kościoła Rzymskiego i penitencjarz większy (kard. James Stafford), kardynał wikariusz diecezji rzymskiej (kard. Camillo Ruini), wikariusz generalny Państwa Watykańskiego (abp Angelo Comastri) i archiprezbiter Bazyliki Watykańskiej (kard. Francesco Marchisano). Nie przestaje pełnić swej misji sekretarz ds. relacji z państwami. Nadal kierują również swymi urzędami i odpowiadają za ich działalność przed Kolegium Kardynałów sekretarze dykasterii Kurii Rzymskiej. Także jałmużnik Jego Świątobliwości (abp Oscar Rizzato) kontynuuje pełnienie dzieł dobroczynnych według takich samych kryteriów, jakie były stosowane za życia papieża, oraz pozostaje do dyspozycji Kolegium Kardynałów aż do wyboru nowego papieża.
Obowiązkiem kardynałów zgromadzonych w Watykanie jest również odprawianie przez dziewięć dni, począwszy od chwili śmierci, nabożeństw żałobnych. Po tym okresie żałoby zaczynają się przygotowania do konklawe.
Prawo do wyboru biskupa Rzymu przysługuje kardynałom Świętego Kościoła Rzymskiego, z wyjątkiem tych, którzy przed dniem śmierci papieża lub przed dniem, w którym nastąpił wakat Stolicy Apostolskiej, ukończyli już 80. rok życia. Obecnie 117 kardynałów ma prawo wyboru papieża.
Jan Paweł II potwierdził, że maksymalna liczba kardynałów wyborców nie powinna przekroczyć 120.
Tradycyjnie konklawe odbywało się do tej pory w Kaplicy Sykstyńskiej, a elektorzy mieszkali w otaczających ją pomieszczeniach, często niewygodnych i pozbawionych urządzeń sanitarnych. Jan Paweł II utrzymał tradycję przeprowadzania wyborów w Kaplicy Sykstyńskiej, lecz równocześnie podjął decyzję o wybudowaniu na terenie Watykanu nowego budynku z wygodnymi apartamentami dla kardynałów. W tym kardynalskim hotelu, który wznosi się obok absydy Bazyliki św. Piotra i jest nazywany Domem św. Marty (Domus Sanctae Marthae), są w sumie 132 apartamenty. Wynika z tego, że kardynałowie nie przebywają już „pod kluczem” (cum clavis) w Sykstynie, a co za tym idzie - należy dopilnować, aby nikt nie zbliżał się do nich, gdy będą przewożeni z Domus Sanctae Marthae do Pałacu Apostolskiego. Zapewnieniu tajności konklawe służy również zalecenie, by kardynałowie elektorzy od jego początku nie kontaktowali się - listownie, telefonicznie lub w jakikolwiek inny sposób - z osobami postronnymi. Według nowych norm, kardynałowie będą mogli przebywać również poza Domem św. Marty, np. spacerować po Ogrodach Watykańskich.
Jeżeli chodzi o termin konklawe, Jan Paweł II ustalił, że „od chwili, gdy Stolica Apostolska jest zgodnie z prawem wakująca - obecni Kardynałowie Elektorzy powinni poczekać piętnaście pełnych dni na nieobecnych Kardynałów; pozostawiam jednak Kolegium Kardynałów prawo odłożenia, jeśli są poważne motywy, początku wyboru na kilka dalszych dni. Ale po upływie maksymalnie dwudziestu dni od rozpoczęcia wakatu Stolicy Apostolskiej wszyscy obecni Kardynałowie Elektorzy są zobowiązani przystąpić do wyboru”. Datę obecnego konklawe ustalono na 18 kwietnia, tzn. 16 dni po śmierci Jana Pawła II.
Pierwszy dzień konklawe zaczyna się od uroczystej Mszy św. wotywnej pro eligendo Papa, która jest sprawowana w godzinach porannych. Natomiast po południu elektorzy przechodzą w uroczystej procesji z Kaplicy Paulińskiej do Kaplicy Sykstyńskiej i, śpiewając Veni Creator, wzywają pomocy Ducha Świętego. Po przybyciu do Kaplicy Sykstyńskiej składają uroczystą przysięgę, po czym przystępuje się do głosowania. Jan Paweł II ustalił, że „dla ważnego wyboru Biskupa Rzymskiego wymaga się dwóch trzecich głosów, obliczanych w stosunku do ogólnej liczby obecnych Elektorów. W przypadku, gdyby liczba obecnych Kardynałów nie mogła być podzielona na trzy równe części, do ważności wyboru Papieża jest wymagany jeden głos więcej”. Jeżeli w pierwszym dniu nie zostanie wybrany nowy biskup Rzymu, w następnych dniach będą prowadzone dwa głosowania rano i dwa po południu.
Karty do głosowania mają formę prostokąta z łacińskim napisem Eligo in Summum Pontificem w górnej połowie. W dolnej części kardynałowie wpisują wyraźnie (charakterem pisma możliwie nierozpoznawalnym - jak zaleca konstytucja) imię tego, na którego padł ich wybór. Następnie składają kartę i wrzucają do specjalnej urny. Gdy wszyscy elektorzy wykonają tę czynność, kardynałowie skrutatorzy przystępują do ich liczenia i odczytania na głos imion kardynałów, na których oddano głosy. Jeżeli nikt nie otrzyma dwóch trzecich głosów, karty zostaną spalone i głosowanie będzie kontynuowane. Karty palone są w piecyku, którego komin wystaje ponad dach Kaplicy Sykstyńskiej. Jeżeli głosowanie nie doprowadziło do wyboru papieża, do kart dodaje się specjalnych substancji (w przeszłości była to wilgotna słoma), by w ten sposób dym wychodzący z komina miał czarny kolor (jest to sygnał dla ludzi zgromadzonych na placu). Natomiast fumata bianca (biały dym) ogłasza światu, że kardynałowie dokonali wyboru nowego papieża. Po raz pierwszy podczas tego konklawe wybór biskupa Rzymu ogłoszony będzie nie tylko białym dymem, ale i biciem dzwonów.
Jeżeli przez dłuższy czas głosowania nie dadzą rezultatu, tzn. żaden z elektorów nie otrzyma wymaganej liczby głosów, kardynał kamerling może zaproponować, by dokonać wyboru „poprzez absolutną większość głosów albo poprzez głosowanie tylko na dwa imiona, które w bezpośrednio poprzedzającym głosowaniu otrzymały najwięcej głosów, przy czym także w tej drugiej ewentualności wymagana będzie jedynie większość absolutna”.
Po dokonanym wyborze kardynał dziekan w imieniu wszystkich wyborców poprosi elekta o wyrażenie zgody następującymi słowami: „Czy przyjmujesz twój kanoniczny wybór na Biskupa Rzymskiego?”, a gdy otrzyma pozytywną odpowiedź, zapyta go: „Jakie imię przyjmujesz?”. Następnie zebrani kardynałowie podejdą do nowo wybranego papieża, aby wyrazić mu cześć i posłuszeństwo. Wybór nowego biskupa Rzymu ogłasza wiernym zgromadzonym na Placu św. Piotra pierwszy z kardynałów diakonów. Jest nim obecnie kard. Jorge Arturo Medina Estévez, emerytowany prefekt Kongregacji Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów, po czym papież udziela błogosławieństwa apostolskiego Urbi et Orbi - Miastu i Światu - z balkonu Bazyliki św. Piotra.