Po napadzie Niemiec na Polskę 1 września 1939 r., wskutek ogromnej dysproporcji sił militarnych II wojna światowa w początkowej fazie przybrała charakter wojny błyskawicznej. Działania wojenne na terenie diecezji przemyskiej toczyły się już w pierwszych dniach września. W ich wyniku 15 września został zajęty Przemyśl. Na mocy traktatu sojuszniczego Niemcy - Związek Radziecki, z 23 sierpnia 1939 r., przewidującego rozbiór Polski, i porozumienia z 28 września tego roku, granica między tymi obu państwami miała przebiegać na interesującym nas terenie na linii rzeki San. W konsekwencji prawobrzeżna część diecezji, łącznie z Przemyślem przechodziła pod okupację sowiecką, a lewobrzeżna - pod niemiecką. Gdy wiadomość o podziale diecezji i Przemyśla dotarła do świadomości duchownych władz diecezji, z decyzji biskupa ordynariusza Franciszka Bardy (1933-1964) on sam, rektor Seminarium Duchownego ks. Jan Grochowski (+1959), ojciec duchowny kleryków ks. Franciszek Misiąg (+1973) i dwóch członków kapituły udali się na Zasanie w przewidywaniu kontynuowania działalności Seminarium i kurii biskupiej pod okupacją niemiecką. Wskutek tego, siedziba biskupa ordynariusza, budynek Seminarium Duchownego i katedra przechodziły pod okupację sowiecką. W budynku Seminarium Duchownego, pustego w okresie wakacji, początkowo kwaterowało wojsko polskie, później niemieckie, a następnie mnóstwo Polaków uciekinierów z zachodu na wschód i odwrotnie, oczekujących na przekroczenie granicy na Sanie obowiązującej od 28 września. Pozostał w nim także ks. Jan Balicki, były rektor Seminarium Duchownego i długoletni profesor teologii dogmatycznej w Instytucie Teologicznym. Znalazł się w nim i alumn drugiego roku Michał Dobrzański, który w trakcie pierwszego etapu procesu beatyfikacyjnego ks. Balickiego złożył zeznania, jako 76 świadek jego życia. (Dalsza część niniejszego tekstu opiera się wyłącznie na nieco luźniejszym, ze względów stylistycznych, tłumaczeniu jego świadectwa. Opublikowano je w: Joannis Balicki (1869-1948)... Positio super causae introductione, Roma 1980 [s. 437-439]). W odpowiedzi na zadawane mu pytania stwierdził najpierw, że ks. Jana Balickiego znał od końca września 1938 r., kiedy wstąpił do Seminarium Duchownego i stykał się z nim do końca czerwca 1939 r., a potem ponownie od około (?) połowy września do połowy listopada tegoż roku. Zaraz w początku zeznań oświadczył, iż ma ogromny szacunek dla ks. Jana Balickiego i prosi Pana Boga o wyniesienie tego Sługi Bożego na ołtarze.
Nie wiedział w jaki sposób ks. Balicki dowiedział się o wojnie. On sam zaś po jej wybuchu wzorem innych, w obawie przed Niemcami udał się na wschód, ale kiedy dowiedział się o zajęciu Lwowa przez armię sowiecką, powrócił i przybył do Seminarium Duchownego w Przemyślu. Zastał w nim wielki rozgardiasz, a spośród ludzi tylko ks. Balickiego, wicerektora ks. Władysława Matykę i ks. Juliana Atamana, wówczas chorego, oraz siostrę przełożoną Sercanek prowadzących gospodarstwo domowe w Seminarium, Albinę. Początkowo był jedynym klerykiem, ale później przybyli jeszcze inni. Budynek seminaryjny był prawie opuszczony. Miał zamiar tylko przenocować w budynku, zabrać z niego swoje rzeczy i udać się do domu rodzinnego. Ks. Balicki zaczął mu jednak perswadować, żeby został, bo będzie tu pożyteczny, że będzie mógł dalej studiować, tak że biskup go wyświęci na kapłana. Pod wpływem tych słów pozostał. Budynek wkrótce został zajęty przez wojsko niemieckie, które tam przede wszystkim nocowało, ale po kilku dniach zgromadziło się w nim mnóstwo Polaków uciekinierów. Zajęli wszystkie sale, a nawet korytarze, tak że trudno było przez nie przejść. Wszędzie panował brud i śmieci. Dokładnie pamiętał, że ks. Balicki w trosce o czystość swoimi rękami opróżniał z różnych śmieci zlewy pod kranami na korytarzach. Zawijał rękawy sutanny i upychał śmieci w wiadrze. Dobrzański mieszkał wtedy w pokojach ojca duchownego na II piętrze. W każde rano ks. Balicki przychodził, aby po obudzeniu go poszedł do kaplicy, do której on udawał się celem odprawienia Mszy św. Pamiętał także, że wśród uciekinierów znajdował się jeden alumn seminarium tarnowskiego, któremu ks. Balicki zrobił prezent z czarnego wełnianego swetra, który on ubierał na sutannę. Wtedy kleryk Dobrzański ośmielił się zrobić mu uwagę: „Ksiądz Rektor sam nie ma nic, a daje innym”, na co Sługa Boży odpowiedział: „To po to, żeby mu było ciepło”. Po zajęciu Przemyśla do budynku Seminarium przychodzili żołnierze sowieccy i żądali, żeby ich oprowadzano. Dobrzański zapamiętał, iż podczas jednej takiej wizyty spotkali na korytarzu Sługę Bożego. Popatrzyli na niego i zaraz odeszli. Słyszał też (Dobrzański), że ks. Balicki chodził do Kruhelu na spowiedź (sióstr zakonnych Opatrznościanek i pewno pensjonariuszek Zakładu Wychowawczego zorganizowanego przez ks. Balickiego dla zabłąkanych moralnie dziewcząt, prowadzonego przez siostry). Dwukrotnie, kiedy odbywała się spowiedź, żołnierze sowieccy zamierzali dokonać przeglądu Zakładu, ale na widok Sługi Bożego rezygnowali z zamiaru. (Później władze sowieckie zlikwidowały Zakład). W ciągu tego czasu ks. Balicki zachowywał spokój. Jak zawsze spacerował po ogrodzie w swojej pelerynie. Uciekinierzy witali go z szacunkiem pozdrowieniem „Niech będzie pochwalony Jezus Chrystus”. On zaś zwracał się do nich z delikatnością i dobrocią. Dobrzański nie przypominał sobie żadnego nieporozumienia między uciekinierami a ks Balickim. Niekiedy spowiadał ich. Pamiętał też, że Sługa Boży zrobił mu prezent ze swojego pustego portfela i wyraził przy tym życzenia, żeby u niego był on zawsze pełny. Dobrzański zauważył, iż dotychczas (do czasu składania zeznań) nigdy nie brakowało mu pieniędzy, które jednak szybko znikały. I jeszcze jeden szczegół zapamiętał. W pewnym czasie zatrzymał się w budynku książę Leon Sapieha z Krasiczyna. Ks. Balicki poprosił wtedy kleryka Dobrzańskiego, aby się zaopiekował księciem i jego bliskimi, bo to jest rodzina abp. Adama Sapiehy.
W ciągu całego pobytu w budynku Seminarium Dobrzański opiekował się zakrystią. Kiedy Sługa Boży zastawał w niej porządek i czystość bardzo się cieszył i mówił: „Och, jak tu pięknie”. Swoje świadectwo Dobrzański, już jako kapłan, zakończył stwierdzeniem, że on sam i jego koledzy z Seminarium widzieli w ks. Balickim człowieka wielkiej cnoty i świętości. Opinia o świętości Sługi Bożego utrzymała się przez cały czas, zwłaszcza wśród księży. On sam (Dobrzański) mówił o nim nieraz na ambonie i rozdawał jego obrazki z podobizną i relikwiami.
Z innych źródeł wiadomo, że w jesieni 1939 r. władze sowieckie poleciły ks. Balickiemu opuścić budynek Seminarium. Wówczas przeniósł się do domu biskupa Ordynariusza, w którym wcześnie te same władze umieściły bp. Wojciecha Tomakę, księży należących do kapituły, wikarych katedralnych, pracowników kurii biskupiej. W trakcie przenoszenia ujawniło się ubóstwo ks. Balickiego. W tym domu pozostał do śmierci 15 marca 1948 r.